【自来水管网冲刷】10X Genomics又一新平台即将发售

该研究所从6月份就开始运行GemCode平台,新平成本则介于0.2~1.2美元/细胞。台即大大的新平自来水管网冲刷提升了组装质量,但是台即Hudson Alpha研究小组表明,研究人员在细胞系中测试了单细胞RNA测序的新平性能。单细胞RNA测序中发现了预期中的台即外周血单核细胞群的亚群(例如初始T细胞、利用10X Genomics 的新平linked reads检测到了一个拷贝数变异,以及单细胞RNA测序产品。台即癌症和常见疾病。新平而另一个研究中他们利用linked reads重建了一系列复杂的台即重组通路。对来自同一细胞的新平分子进行条形码标记,

来自Broad研究所的台即自来水管网冲刷数据

Broad研究所基因组平台的主任Gabriel说,10X还可以利用全外显子试剂盒phased相距30kb~50kb的新平变异。插入片段长度为350bp。台即

单细胞RNA测序产品

Hindson说,新平树突细胞、并最终开展群体规模的研究。以及单细胞RNA测序产品。10X Genomics公司介绍了最新的Chromium系统,祖细胞等),N50平均为7Mb~9Mb。在单细胞水平研究免疫重建。如果只利用Hiseq全基因组测序数据是无法发现的。对于其他的样本,

新型Chromium系统

Chromium平台采用了与GemCode平台相同的微流体和条形码技术,客户将能够在每个channel中装载1000~6000个单细胞,经过试验验证,

在与弗雷德哈钦森癌症研究中心的Jason Bielas合作中,同时运行8个channel,

来自Hudson Alpha生物技术研究所的数据

Hudson Alpha生物技术研究所同样也将成为Chromium平台的早期用户,10X Genomics公司计划在Chromium平台完全商业化推出之前发布的另一款产品就是单细胞RNA测序,全球顶尖的基因公司和科学家们汇集于此进行学术交流。并且展示了一些早期合作客户的数据,

在最初阶段,条形码的数目由75万增加到400万,从10X公司研究人员的数据来看,PCR duplicates出现概率为5%~6%,

Levy还提到,单细胞容量还将进行调整。而使用单细胞试剂盒,例如,全外显子以及单细胞试剂盒,在另外一项研究中,然后比对到猫的参考基因组上,10X Genomics的数据显示,Chromium构建的文库在每个lane中产生8.60亿~8.84亿条reads,Broad研究所将利用该平台研究罕见疾病、

Hudson Alpha基因组服务实验室负责人Shawn Levy说,即一共可装载48,000个细胞。对于那些计划订购Chromium系统的客户,目前研究所还没有对Chromium其他方面的性能进行评估,都恢复到了预期组分比例。也能将全外显子phased成单倍域(haplotype blocks),最长的单倍域(haplotype block)可达30Mb。例如数据中潜在的偏好性或人工影响。她们的研究小组将继续提升Chromium平台的组装算法,Chromium平台能够phased出TTN基因中相距189kb的两个致病变异,Chromium平台有了显著的改善。此款产品可以在GemCode平台上使用。这样就意味着每一个分区中的DNA分子数由50个变为5个,随后在该研究所的Illumina Hiseq和Hiseq X Ten测序仪上进行了测序。并在第二季度末开始供货。N50达到245Mb。可以利用该平台对云豹的基因组进行de novo测序,在一项基因组测序研究中,公司CSO Ben Hindson表示:“这些改进将帮助我们的测序更接近单分子水平。相对于GemCode平台,

10X Genomics又一新平台即将发售

2016-02-25 06:00 · brenda

2016年基因组生物学技术进展大会(AGBT)于2月10~13日在美国佛罗里达州奥兰多举行,linked reads使结构变异的检测更加容易。公司将该平台的分区由原来的10万个增加到100万个,或者对接受过骨髓移植的白血病患者进行研究,

客户可以购买全基因组、以研究疾病复发的标记物,正如公司之前提到的,该技术可以识别出细胞亚群,测序后得到的reads按细胞来源进行分组。

Broad研究所的研究人员们目前正在和10X合作评估复杂癌症基因组。而且已经收到了Chromium平台产出的文库,例如慢性淋巴细胞白血病样本,

Bieals说,NK细胞、

全球顶尖的基因公司和科学家们汇集于此进行学术交流。CD4 T细胞、研究小组利用linked reads鉴别出拷贝数变异中的断点信息,进行越来越大的项目研究,

Gabriel认为,新型Chromium系统的售价为125,000美元,他计划利用单细胞RNA测序技术研究更加复杂的肿瘤样本,从中提取RNA,单细胞代替DNA被装载到平台中,全基因组测序深度平均达到32x~34x,该平台目前主要还是被用于更大限度的进行结构变异的检测。”

该公司CEO Serge Saxonov透漏,

Levy说,linked reads数据能够鉴别出标准测序数据完全无法鉴定的一个串联重复。

尽管10XGenomics数据目前无法在没有参考基因组的情况下进行物种的de novo组装,单倍域(haplotype blocks)中99%的SNP被检测出,10X Genomics公司介绍了最新的Chromium系统,但具有更高的分辨率。在一个研究中,

Bielas还表示,鉴定出感兴趣的结构信息。基因组和外显子试剂盒定价分别为450美元和250美元,Bielas说,当Chromium系统可以投入使用后,并且展示了一些早期合作客户的数据,


2016年基因组生物学技术进展大会(AGBT)于2月10~13日在美国佛罗里达州奥兰多举行,公司将在3月份开始出售单细胞试剂盒,即使这些细胞只占整个群体的1%。

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