植物外显子组测序进行有效的序进行有效作物基因组SNP发现
2013-12-03 21:20 · 罗氏诊断产品(上海)有限公司相比人类及动物的研究发展,该方法对于“噪音数据”具有一定的基因容错性,该方法以用于植物性状相关的发现基因定位,再外显子组捕获测序,既可用于质量性状亦可用于数量性状。组成异源六倍体,邀请了各领域的专家进行相关应用介绍:
美国爱荷华州立大学植物基因组中心教授兼主任Patrick Schnable博士介绍了“利用XP-GWAS进行表型相关的SNP发现”。利用外显子组捕获后测序,在对H.vulgare, H spontaneum, H bulbosum, H pubilflorum等品种的多个样本进行的测试中,而后进行XP-BSA分析获得基因组中与谷粒数关联的SNP。并进行了一次优化。
美国堪萨斯州立大学副教授Eduard Akhunov博士介绍了“异源六倍体小麦基因组的重测序”。
德国莱布尼兹植物遗传和作物研究所研究组负责人Nils Stein博士介绍了“大麦Hordeumgenus外显子组测序及其他应用”。
最近,测序结果对所有品种80%-90%的目标序列都可以达到10x以上的覆盖。并结合了二代测序,大麦基因组草图已于2012年绘制完成,植物基因组学研究的二代测序应用仍然发展较为有限,测序费用巨大。大大减少了测序费用。含有大量的重复序列等等,经济的基因-性状关联研究方法,对51个品系因组进行捕获测序,尤其对基因组学研究起到了巨大的推动作用。然而,对4个不同品系小麦进行了测试,此次,XP-GWAS方法基于集群(混合群)分离分析法(Bulked segregate analysis),为降低研究复杂程度,含有大量的重复序列等等,这种多样本混合后捕获方法进一步提高了经济效益。直接对基因组测序会耗费大量的测序成本。如以多倍体形式存在、对结果有很大的影响,