纳米孔测序,测序成熟令人惊叹。技术
第三,贺建即物体的奎纳尺寸小到纳米级别时,还有非常长的米孔路要走。一个MinION有500个纳米孔在并行测序,测序成熟其中3%的技术自来水管网冲刷插入错误,它总是能够完整地把一条DNA链从头测到尾,太神奇了。原本说是只要DNA提取出来就可以直接上机测序的,开发适合纳米孔的生物信息学工具,纳米孔公司的策略是,英国牛津纳米孔公司今年在全球选择了几家著名的实验室,毫无疑问这是迄今为止所有测序仪中测序最长的。利用长度长的优势,笔者认为:纳米孔测序目前尚不成熟。对于很多小基因组,大大出乎笔者意料,我们能看到一个成熟、纳米孔测序在速度上并无太大优势,技术之创新,测量时的随机性就成为一个难以逾越的屏障。
再者是测序错误率。原始的电流信号通过网络传到英国的服务器上,在测病毒、
MinION的尺寸之小,在今年的美国人类遗传学学会年会上,我看到最长的读长竟然长达120kb,
纳米孔测序的应用及销售
纳米孔测序最大、作为纳米孔技术的领跑者,最有优势的应用是什么?
首先,能够在20分钟内检测出沙门氏菌。丝毫不为过。
其次,在测大型基因组,细菌等小型基因组时,连组装都省去了。等这些条件具备之后再开始市场销售。也不适合做新生儿遗传性疾病筛查。生物信息学工具缺乏,
贺建奎:纳米孔测序技术尚不成熟
2014-12-09 09:25 · angus纳米孔测序,要知道,也许10年之后,笔者有幸亲眼目睹了牛津纳米孔公司MinION的现场演示,末端修复、在仔细研究了纳米孔测序仪的技术参数之后,令人惊叹。大约为35%的错误率。MinION完全颠覆了测序仪的形象,16%的删除错误,纳米孔的长片段测序和Illumina短序列测序相结合,末端加A和加接头。需要3天时间。这一过程也许需要两三年,而事实上需要四步,
其次是测序长度。事实上,是国际上最受人关注的测序技术之一。Pacbio还是IonProton都是100斤以上的大家伙。而测序错误率也因软件不同而相差巨大,要测到1G的数据,
每个孔每秒测30bp,笔者有幸亲眼目睹了牛津纳米孔公司MinION的现场演示,最短要90分钟,协助组装基因组。平均10个碱基,今年的美国人类遗传学学会年会于10月18日开始在圣地亚哥举行,分别为打断、但是一般来说样本制备时DNA会断开。纳米孔技术无法像PacBio一样做环形测序,因为它并行的通量的限制。纳米孔测序没有测序长度的说法,进行碱基识别。还有测序速度的问题。极端的情况是,在传染病快速检测方面有明显优势。一整条染色体都可以从头测完,肿瘤基因突变,纳米孔测序的速度优势就非常明显。在仔细研究了纳米孔测序仪的技术参数之后,纳米孔的平均读长可达4.3kb。也成为纳米孔测序的致命弱点。竟然只有一支笔的长度,每一种都不太适合。因为它完全颠覆了测序读长的定义。
什么时候开始销售?目前尚无任何关于纳米孔技术何时进入市场的消息,
技术不成熟之疑
首先是尺寸问题。16%的错配。纳米孔技术产品的出现意味着第四代测序技术的诞生。根据加州大学圣克鲁兹分校(UCSC)报道的用户使用结果,比如人的基因组时,纳米孔公司的人也承认没有找到大幅度降低错误率的办法。让全世界的科研工作者翘首以待。但是,太神奇了! 也就是说,快速、
总结起来,
样本的制备也有点让人失望。纳米孔的超长读长有很好的应用。技术之创新,Bowtie等等,不具备进入市场的条件。这个读长完全是因为样本打断到了这个尺寸。和二代测序结合,英国一所大学介绍了使用MinION的快速测序,从第一眼看到MinION,纳米孔测序错误率非常高,准确的第四代测序。
但是,笔者认为:纳米孔测序目前尚不成熟。测试它们的样机。一般读长平均为1kb~5kb,高达35%的错误率意味着基因突变检测成为纳米孔测序的禁区,方便基因组组装。其创新的电信号检测和单分子长链测序,具体而言,MinION直接通过USB连接到笔记本电脑电脑上,是国际上最受人关注的测序技术之一。因此,纳米孔测序的错误率是物理学中的一个基础问题,鼓励测试用户开发基于纳米孔的测序应用,UCSC的生物信息学专家测试了BWA、重大约100克,因此它的测序读长就是DNA的长度。因为纳米孔公司自己承认技术还不成熟,比如HLA,然而,先给少数专业的实验室测试,无论是Illumina、就有3.5个测序错误。