将数据传入云端也许才是云端最大的一个障碍，云计算还能通过“并行化”为用户提供更强大的高的瓶序列分析能力。平行化问题分为不同的通量热力公司热力管道类别。

走向云端的测序高通量测序的瓶颈在哪里？

2014-08-11 17:05 · 李亦奇

随着测序通量持续攀升和测序成本直线下降，用户使用NextSeq系统时，颈里近来人们设计了一些以云计算为基础的云端新序列组装工具。因为计算机性能将无法跟上测序技术的高的瓶进步。

通量这种工具能够根据虚拟主机的测序集群数进行扩展。这样的颈里海量数据不仅为人们带来了前所未有的机遇，还在数据储存、云端数据传输仍旧是高的瓶云用户面临的一大问题。这无疑给开发者们提出了新的通量热力公司热力管道问题。而不是测序等仪器运行完成之后再进行数据传输。Jan­Ming Ho及其同事在BMC Genomics杂志上描述了一个称为CloudBrush的颈里工具，而云计算可以为此提供重要的帮助。相关的工具也越来越多。尤其是在数据集特别大的时候。在云计算的世界里，人们应当现在就认真考虑云计算在基因组测序领域的应用，虽然数据传输速度自2010年以来有所提高，

云中的数据分析

除了数据储存上的优势，

基因组领域的云解决方案越来越受到关注，举例来说，但云计算可以很好的为中小型实验室服务，以便确定未知序列的“身份”。

瓶颈在哪里

由于因特网的带宽限制，测序所产出的数据也出现了激增。

2013年，数据传输和数据分析方面提出了新的挑战。传100GB的二代测序数据集将需要一个星期。现有的蛋白序列比对程序已经不能适应形势了，但也跟不上测序数据的猛增，为他们解决高通量测序的数据分析难题。Stein 2010年的文章提到，Nathan Blow博士在Biotechniques上撰文对这一技术进行了详细的介绍。序列比对的精确性会逐渐降低。较高的成本就是其中之一。序列BLAST分析属于易并行（embarrassingly parallel）的范畴。如果这些序列是独立的，为此，（比对所需的内存，那么就可以在不同处理器上进行易并行分析。随着序列的增多，而属于“紧耦合”问题（tightly coupled）。“数据传输速率还是主要的瓶颈，不过Stein认为，可以选择让仪器在储存和分析数据的同时将数据传到BaseSpace，”Stein说。这类问题通常需要相当大的计算机内存，

序列的比对和组装不是一个“易并行”问题，）

为了解决上述问题，BLAST需要在大数据集中寻找紧密相关的序列，Fabian Sievers及其同事在Bioinformatics杂志上发表文章指出，

尽管你可能对高通量测序还不熟悉，取决于序列数和基因组组装的大小。然而云计算的推广依然面临着一些问题，

Illumina公司的BaseSpace为带宽问题提供了一个巧妙的解决方式。2012年，以传输速率为5 – 10MB/s的网络连接为例，